El Consejo de la Agencia es un órgano que, junto al Secretario Ejecutivo, presiden la Agencia de Calidad de la Educación, según el artículo 32 de la Ley N.º 20529.
Algunas de las funciones del Consejo son: aprobar y dar seguimiento al plan estratégico de la Agencia y anualmente al plan de trabajo, aprobar la Categoría de Desempeño (proceso de ordenación) de los establecimientos educacionales en los plazos que establece la ley, aprobar anualmente el cambio de Categoría de Desempeño de los establecimientos educacionales, proponer el Plan de Evaluaciones nacionales e internacionales al Ministerio de Educación, entre otras.
La ley señala que el Consejo estará constituido por cinco miembros de destacada experiencia en la actividad educativa, nombrados por el Ministro de Educación, previa selección conforme al Sistema de Alta Dirección Pública. El actual Consejo está compuesto por: